“嘌呤型”或嘌呤-嘌呤-嘧啶型（R·RY）三螺旋中，第三条嘌呤链以反平行于Watson-Crick双螺旋嘌呤链的方向缠绕到双螺旋的大沟上，专一性地与嘌呤链结合。例如，典型的R·RY型三螺旋G·GC和A·AT，其相应的结构单元三碱基体（图3-26）；其专一性体现在G对GC、A对AT的识别。

早期，在利用光谱学和超分离测量方法探索三链复合物时发现了G·GC和I·IC两种R·RY型三螺旋。后来，Fresco等用亲和色谱法确认R·RY型三螺旋中也包括A·AU∕I、I·AU∕T和I·GC三螺旋。随后，又确认了G·GC、A·GC和T·AT 3种典型的R·RY型三螺旋，以及C·AT、A·GC和T·CG等相互作用较弱的三螺旋。研究发现R·RY型三螺旋（C·AT、A·GC和A·AT等）第三条嘌呤链和Watson-Crick双螺旋的嘌呤链以两个反-Hoogsteen氢键相连接，且糖环的二面角限制在anti区。

核磁共振实验在研究R·RY型、内含一个T·CG三碱基体的G·GC三螺旋（Karen, 1994）时，发现所有的糖环构象包括T·CG的转化位点，均采取接近于C2′-endo的堆积形式。在三螺旋中，C2′-endo的糖环构象在每一条链上的分布按下列顺序增加：嘧啶型＜双螺旋的嘌呤链＜第三条嘌呤链。从目前的情况看，有关糖环构象以及R·RY型三螺旋整体结构尚需详细研究。

在R·RY型三螺旋中，第三条核苷酸链的加入引起了扭转角和X位移的变化。结果显示，此三螺旋既不同于通常的A型也不同于B型DNA。双螺旋的碱基对向小沟方向移动了约19nm(原文为"-19nm"疑为"波浪线19nm")，以此来容纳大沟上的第三条链（图3-27）。总之，三螺旋中的双螺旋区似乎并未受到第三条链太大的影响，而且双螺旋区的碱基堆积形式有些像A型DNA。然而与A型DNA不同的是双螺旋区的大部分核苷酸的糖环构象是S型而非N型，R·RY型三螺旋的详细结构仍需进一步研究。