肺部感染性疾病病因学诊断的最大障碍在于口腔和上呼吸道常住菌群对标本的污染。以咳出的痰标本作病因学检查时，由于难免受上呼吸道常住菌群的污染，故对检出病因学意义的判断带来极大的困难。经FOB防污染采样，是通过常规FOB，使用防污染功能的特殊器具来采取下呼吸道分泌物。同时进行较精细的实验室处理，以提高病因学诊断的敏感性和特异性。
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